В марте 2009 года Межрегиональной инспекцией Федеральной налоговой службы России по крупнейшим налогоплательщикам № 7 (МИФНС России по КН № 7) была завершена камеральная налоговая проверка уточненной декларации ОАО «СЗТ» по налогу на добавленную стоимость (НДС) за январь 2006 года. По ее результатам МИФНС России по КН № 7 вынесла Решение об отказе в возмещении НДС ОАО «СЗТ» на сумму 88 млн.руб.

В сентябре 2009 года ОАО «СЗТ» оспорило Решение налогового органа в Арбитражном суде г.Москвы, который в январе 2010 года вынес Решение о признании недействительным Решения МИФНС России по КН №7 в части отказа в возмещении частично суммы налога на добавленную стоимость в размере 88 млн. Девятый Арбитражный апелляционный суд г.Москвы оставил решение Арбитражного суда первой инстанции без изменения, апелляционную жалобу МИФНС России по КН № 7 без удовлетворения.

Федеральный арбитражный суд Московского округа (суд кассационной инстанции) своим Постановлением от 27.09.2010 оставил без изменения судебные акты судов первой и апелляционной инстанций, без удовлетворения – кассационную жалобу Межрегиональной инспекции Федеральной налоговой службы России по крупнейшим налогоплательщикам № 7.

Как отметил директор департамента правового обеспечения ОАО «СЗТ» Николай Васильевич Немчинов, «добившись признания необоснованности отказа в возмещении налога на добавочную стоимость в размере 88 млн. рублей  Межрегиональной инспекцией Федеральной налоговой службы России по крупнейшим налогоплательщикам № 7, ОАО «СЗТ» подтвердило репутацию законопослушного налогоплательщика, действующего строго в рамках правового поля Российской Федерации».